Ներսիսյան դպրոցը հիմնադրվել է 1824 թվականին՝ Վրաստանում։ Հիմնադիրը եղել է Ներսես Ե Աշտարակեցին։ Ներսիսյան դպրոցը 1 դարի ընթացքում ունեցել է շուրջ 2000 շրջանավարտ։

Դպրոցը գտնվել է այժմյան Անտենելի փողոցում։ 19-րդ դարում դպրոցն ունեցել է 2 շենք։ Դպրոցի ճարտարապետը եղել է պետերբուրքցի Միխայիլ Լազարևը։

Սակայն 1837 թվականին ցարական իշխանությունների պնդմամբ դպրոցը վերափոխվեց և դարձավ Վրաստանի հայոց թեմի արական հոգևոր ճեմարան։
Եվս 1 դար անց դպրոցը ձեռք բերեց շուրջ 600 աշակերտ։
1909 թվականին դպրոցի դիմացի լանջին Սվանեթիս-ուբանի տարածքում Ալեքսանդր Մանթաշյանցը և Մարիամ Թումանյանը գնեցին մեծ տարածք և հիմնեցին դպրոցի նոր շենք։

Շենքը բացվել է 1911 թվականին։ 1924 թվականին Թբիլիսիում նշվել է շենքի 100 ամյակը։ Ներսիսյան դպրոցում են սովորել՝ Հովհաննես Թումանյանը, Պեռճ Պռոշյանը, Դերենիկ Դեմիրճյանը և այլոք։ 2005 թվականից դպրոցի նոր շենքը դարձել է Թբիլիսիի Կովկասյան Համալսարանի սեփականություն, որտեղ այն տեղափոխվել է 2017 թվականին՝ երկարամյա վերակառուցումից հետո։

